Frekvencia dezinfekcie stetoskopu závisí od scenára použitia a prostredia:
V bežných ambulanciách, ak sa stetoskop používa len u bežných pacientov a nie je zjavná kontaminácia, sa odporúča dezinfikovať ho 1-2-krát týždenne.
Na oddeleniach, ako je pediatria a respiračné oddelenia, ktoré sú ľahko vystavené infekčným patogénom, alebo v špeciálnych priestoroch, ako sú infekčné oddelenia a jednotky intenzívnej starostlivosti, by sa po každom použití mala vykonať dezinfekcia.
Ak stetoskop používa viacero rôznych pacientov v krátkom čase, je najlepšie ho dezinfikovať po každom použití, aj keď je interval krátky.
